Шералы Акботоевге Кыргыз Республикасынын кылмыш жаза кодексинин 339-, 375-, 229- жана башка дагы үч беренесинин айрым бөлүмчөлөрү боюнча, тактап айтканда, кылмышты жаап жашыруу, жалданма, мыйзамсыз куралдуу кошуун уюштуруу жана ага катышуу, терроризм, барымтага алуу сыяктуу айыптар тагылууда. Шералы Акботоев өзүнө коюлуп жаткан айыптарга жарым -жартылай макул экендигин билдирди. Шералы Акботоев 1999-жылы август айында өздөрүн Өзбекстан Ислам кыймылы атаган куралчан топ Баткен облус аймагына кол салганын, Баткен районунун акими баштаган 5 кишини барымтага алганда аны Улуттук коопсуздук кызматынын өкүлдөрү барымтадагыларды бошотуу үчүн душмандар менен сүйлөшүүгө жөнөткөнүн, барган жеринде аны коркутуп алып калганын, ошол бойдон айласыздан ислам кыймылынын катарында калганын билдирди.
